從色譜原理上分類，離子色譜是液相色譜的一種，但由于離子色譜與普通高效液相色譜在結(jié)構(gòu)和分析對象上有一些差異，一般作為均獨立的一個色譜大類。離子色譜與高效液相色譜的差別主要從兩個方面看，即儀器結(jié)構(gòu)和應用范圍。

　　1)在儀器結(jié)構(gòu)方面離子色譜和高效液相色譜均有溶劑輸送系統(tǒng)、進樣系統(tǒng)、檢測系統(tǒng)和信號記錄和處理系統(tǒng)，但由于離子色譜和高效液相色譜所用的流動相不同，檢測方式不同及信號處理的要求不同，在各部件上有一些差別。具體如下

　　A、離子色譜一般采用酸、堿及鹽的水溶液作為流動相，因此通常離子色譜采用非金屬材料作為整個系統(tǒng)材料，一般采用Peek塑料作為泵體、流路和閥體等要求耐高壓的部分，而聚四氟乙烯材料作為檢測器，外接管路等，要求系統(tǒng)可以耐酸、耐堿，但一般情況下全塑的材料由于加工和強度方面的差異，耐壓強度和精度上比金屬材料要略低一些。而高效液相色譜由于一般采用有機溶劑作淋洗液，因此多數(shù)還是采用金屬泵體，可以耐任何類型的有機溶劑，但對于酸或堿的溶劑，使用易產(chǎn)生腐蝕現(xiàn)象。而隨著高效液相色譜在生物領域的廣泛應用，金屬對一些生物活性化合有一定的吸附作用，一些在生物方面應用高效液相色譜也廣泛采用了Peek材料作為泵體、流路和閥，使離子色譜和高效液相色譜具有了一定的通用性。

　　B、前述已經(jīng)提到離子色譜又分為抑制型和非抑制型，而目前被廣泛應用抑制型離子色譜，采用了抑制器，而普通高效液相色譜沒有類似裝置。抑制器的結(jié)構(gòu)上與高效液相色譜的柱后衍生系統(tǒng)相似，但是抑制型離子色譜*組件之一。非抑制型離子色譜不用抑制器，與高效液相色譜十分相似，一些非抑制型離子色譜基本上就是采用高效液相色譜的泵、流路和進樣閥。

　　C、離子色譜與高效液相色譜另一差異就是檢測器，一般情況下高效液相色譜采用紫外-可見光度檢測器；而離子色譜通用的是電導檢測器。